Ο νομός Ηρακλείου είναι φημισμένος για τους αρχαιολογικούς χώρους της Κνωσσού και της Φαιστού.Η αρχαία πόλη της Κνωσσού, 5 χλμ. από την πρωτεύουσα, ήταν το κέντρο του Μινωικού πολιτισμού και περιλαμβάνει το μεγαλύτερο μινωικό ανάκτορο της περιόδου 2000 - 1400 π.Χ. Τα ερείπια της πόλης καλύπτουν μια έκταση 20.000 τ.μ. και αποτελούνται από την αρχαία πόλη με το ανάκτορο, το μικρό ανάκτορο, τη διώροφη βασιλική έπαυλη και το βασιλικό τάφο.Το ανάκτορο ήταν ένα τεράστιο συγκρότημα από πολλά δωμάτια και διαδρόμους, με πολύπλοκο σχέδιο και δομή, που καταστράφηκε μερικώς το 1700 και τελικά κάηκε το 1400 π.Χ. Στην ίδια τοποθεσία βρίσκεται, επίσης, το Στρωματογραφικό Μουσείο, που παρουσιάζει συλλογές από ευρήματα της Κνωσσού.